Los principios activos de la manzanilla son los responsables de conferir numerosas propiedades.
Entre ellos se encuentran: el aceite esencial, flavonoides (Linalol, 1,8-Cineol, Terpineol, Óxido de Bisabolol, Nerolidol, Farnesol), cumarinas, mucílagos, principios amargos (Matricina, Matricarina...) y sales minerales (8-11%).
El aceite esencial produce un efecto antiinflamatorio, antiséptico, espasmolítico, emenagogo y sedante, acciones a las que contribuyen las cumarinas y flavonoides.
Los mucílagos son demulcentes y, junto con el aceite esencial, tienen un efecto epitelizante.
Los principios amargos son responsables de su actividad aperitiva, digestiva y colerética.